黄瓜根腐病是一种毁灭性土传病害。各地普遍发生。该病一般在结瓜期发病，蔓延快、为害重、损失大，发病率轻者30%～40%，重者70%～80%。

主要为害根部。(1)根和根茎部。发病初期呈水浸状，后呈浅褐色湿腐，主根受害后引起根茎部缢缩，病部腐烂处的维管束变褐，但不向上扩展，可与枯萎病相区别。后期病部往往变糟，组织破碎，仅留下丝状维管束。病株地上部初期症状不明显，随病情发展中午叶片萎蔫，早晚恢复，严重的则多不能恢复而枯死，植株呈现青枯状。(2)嫁接株。摘心后至收获起发病。病情进展较慢，初期叶片失去活力，晴天中午叶片萎蔫，早、晚或阴天恢复原状，持续数天后下部叶片开始枯黄。用作砧木的黑籽南瓜茎基部呈水渍状变褐腐烂，引起全株枯死。

病原以菌丝体、厚垣孢子或菌核在土壤中及病残体上越冬。尤其厚垣孢子可在土中存活5～6年或长达10年，成为主要侵染源。病原从根部伤口侵入，后在病部产生分生孢子。病原借雨水或灌溉水传播蔓延进行再侵染。

高温、高湿利其发病。连作地、低洼地、黏土地或下水头发病重。嫁接黄瓜在露地和保护地均有发病，以保护地发生最为严重。

(1)农业防治。与十字花科、百合科作物实行3年以上轮作。育苗床土壤覆盖塑料膜，利用太阳能进行土壤消毒，土温控制38～40℃消毒24小时；控制42℃，消毒6小即可奏效。提高嫁接技术水平，选用抗病品种做砧木。采用高畦栽培，防止大水漫灌及雨后田间积水，苗期发病害及时松土，增强土壤透气性。(2)化学防治：发病初期喷洒或浇灌药剂。药剂用50%甲基托布津可湿性粉剂 500倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂 500倍液。也可以配成药土撒在茎基部。