菌核病在黄瓜全生育期圴能发生，是日光温室黄瓜生产中为害比较严重的病害之一。常引起黄瓜烂瓜、烂蔓，产量损失很大。

主要为害果实和茎蔓。(1)茎蔓。在近地面的茎蔓发病时出现淡绿色水浸状小斑点，后变为淡褐色病斑，高湿条件下病茎软腐，长出白色棉毛状菌丝。病茎髓部遭破坏腐烂中空，或纵裂干枯。(2)叶柄、叶、幼果。病初呈水浸状并迅速软腐，后长出大量白色菌丝，菌丝密集形成黑色鼠粪状菌核。(3)瓜条。多在残花部，先呈水浸状腐烂，并长出白色菌丝，后菌丝纠结成黑色菌核。

(1)越冬与初侵染源。病原以菌核遗留在土中，或混杂在种子中越冬或越夏。(2)传播特点。混在种子中的菌核，随播种带病种子进入田间，或遗留在土中的菌核遇有适宜温湿度条件即萌发产出子囊盘，放散出子囊孢子随气流传播蔓延，侵染衰老花瓣或叶片，长出白色菌丝，开始为害柱头或幼瓜。0～35℃菌丝能生长。

南方2～4月及11～12月适其发病，北方3～5月发生多。相对湿度高于85%，温度在15～20℃利于发病。在田间带菌雄花落在健叶或茎上经菌丝接触，易引起发病。

(1)种子消毒。用50℃温水浸种10分钟，即可杀死菌核。在播种前，用10%盐水漂种2～3次，汰除菌核。(2)农业防治。实行轮作，最好是水旱轮作，或在夏季将病田灌水浸泡半个月。收获后，及时深翻土地20cm，将菌核埋入深层，抑制子囊盘出土。高畦覆膜栽培可以抑制子囊孢子出土。棚室栽培，上午以闷棚提温为主，下午及时放风排湿。发病后可适当提高夜温，以减少结露。早春日均温控制在29～31℃高温，相对湿度低于65%，防止浇水过量。(3)化学防治。出现子囊盘时，每公顷用10%烟剂腐霉利或45%百菌清烟剂3750g，熏一夜，隔8～10天1次。或每公顷喷撒5%百菌清粉尘剂15kg；或在黄瓜盛花期和满架期用6.5%万霉灵粉尘剂各施1次药，共施2次，每次用量15kg。盛花期喷雾防治，常用农药有20%腐霉利悬浮剂 600～800倍液或50%农利灵可湿性粉剂 1 000倍液，隔8～9天喷1次，连续3～4次。