病毒病是南瓜的一种主要病害。

南瓜病毒病的症状有3种类型。(1)花叶型。症状严重的花叶，叶片黄绿相间，绿色部分凸起，形成疱斑，植株矮化，叶片及果实小而畸形，并有许多瘤状突起，果面凹凸不平。(2)蕨叶型。叶片除具花叶症状外，叶片像被撕裂成条、呈鸡爪或叶片皱缩呈鸡冠状。(3)矮化。植株节间缩短，矮化，顶端皱缩，叶片发黄，导致逐渐干枯死亡。

黄瓜花叶病毒可由60多种蚜虫传播并很容易由机械传播。南瓜花叶病毒由种子传毒，黄条跳甲等甲虫在5分钟内可获毒，并可传毒达20多天。小西葫芦黄化花叶病毒以多种蚜虫和机械方式传播，种子偶尔传毒。

田间管理作业中的摩擦极易传播病毒，且病毒病多由复合侵染引起。田间种子带毒率高，管理粗放，虫害多，发病重。

(1)种子消毒。瓜种放入45～50℃温水浸种，浸种时不断搅拌。待水温降至35℃时，浸泡两小时再用0.02%的高锰酸钾浸泡15分钟消毒后，用清水冲洗净，滤干。然后用湿毛巾包好置于25～30℃的温度下，经过24小时催芽，待芽露白即可播种于营养袋。(2)农业防治。从无病株上选留种子，防止种子传毒。瓜苗定植成活后，应即时施磷酸二氢钾500倍液，间隔5～6天再追施1次，促进早生根快长，使植株生长健壮。上架座果前，还应清除瓜地和地埂周围的杂草，以减少病毒中间寄生。田间作业时，避免践踏茎蔓，整枝时，应用剪刀剪蔓，忌用手接触保留的瓜蔓，以减少摩擦传毒。(3)化学防治。育苗期移栽前5～7天，用46%毒克星或小叶灵800倍液交替喷雾瓜苗1～2次。大田定植成活至上架座果前，在作好传毒媒介害虫防治的同时，用3.95%病毒必克或18%抑毒星800～1 000倍液，间隔1周交替喷雾预防。同时，叶面喷施磷酸二氢钾300倍液，以增强植株抗病力。育苗期及大田期座果前应抓好蚜虫、蓟马、盲蝽、甲虫、斑潜蝇等害虫的防治，可用10%大功臣800～1 000倍液或40%二嗪磷乳油 800倍液喷雾防治。