褐腐病是飞碟瓜的一种普通病害。

主要为害花和幼果，先从花蒂侵入后逐渐蔓延到幼果，被侵入的幼果从顶部向下腐烂，随后腐烂部位出现象黑色大头针似的霉菌，最后果实迅速腐烂。

病原以菌丝体随病残体在土壤中越冬，腐生性强。春天侵染花和幼果，只能从伤口侵入，可借风雨或昆虫传播。

保护地栽植，当低温高湿，浇水后放风不及时，放风量不够，日照不足，连续阴雨，易发病和流行。露地栽培病害流行与否主要取决于结瓜期植株茂密程度，雨日的多少和雨量大小，田间积水等情况。生产上栽植过密，株间郁闭发病重。

(1)农业防治。与非瓜类作物实行3年以上轮作。采取高畦栽培；合理浇水，严禁大水漫灌，雨后要及时排水；合理密植，注意通风，防止湿气滞留。采用搭架栽培法，改善通风透光条件。坐果后要及时摘除残花和病果，集中深埋或烧毁。(2)化学防治：开花至幼果期喷64%杀毒矾可湿性粉剂 400～500倍液，或68%精甲霜灵?锰锌颗粒剂 300倍液，或18%甲霜胺?锰锌可湿性粉剂 600倍液，或75%百菌清可湿性粉剂 600倍液，或70%乙膦?锰锌可湿性粉剂 500倍液，或72%克露可湿性粉剂 800倍液，或69%安克?锰锌可湿性粉剂 1 000倍液，或47%加瑞农可湿性粉剂 800～1 000倍液。棚室栽培，每公顷用45%百菌清烟剂3750g，烟熏一夜。